Stefan Ishizaki, född på S:t Eriks sjukhus i Stockholm, kom 1999 till AIK från Rågsveds IF och debuten skedde på Skytteholms IP i Solna den 20 mars 1999 då AIK mötte Gefle IF (3–0) i sextondelsfinalen av Svenska cupen inför 2 233 åskådare. Den 14 maj samma år spelade han sin andra match i AIK-tröjan och denna gång var det cupfinal hemma på Råsunda Fotbollstadion mot IFK Göteborg då AIK vann det första av två finalmöten med 1–0 – och målet räckte för att AIK skulle vinna Svenska cupen för sjunde gången genom tiderna. Under AIK:s spel i Uefa Champions Leagues gruppspel under hösten 1999 var Stefan Ishizaki med i matchtruppen vid tre tillfällen dock utan att få någon speltid.

Den 10 april 2000 var det dags för mittfältarens första allsvenska match och han bidrog till segern mot IF Elfsborg (2–1) på Ryavallen i Borås då han i den andra halvleken spelade fram Andreas Alm till segermålet. Stefan Ishizaki var under åren 2000 till 2003 ordinarie på AIK:s mittfält och det var först i och med en utlåning till italienska Genoa CFC under våren 2004 som hans namn inte stod med i AIK:s laguppställningar längre. I juli 2004 var han tillbaka i AIK igen och i den första hemmamatchen efter comebacken svarade han för ett kanonmål i det bortre krysset då AIK vände 0–1 till seger med 3–1 mot IFK Göteborg i Allsvenskan. Segern bidrog dock inte till att AIK klarade sig kvar i Allsvenskan utan man fick under förödmjukande former ta klivet ner i Superettan efter att i den näst sista omgången noterat 0–3 hemma mot Örgryte IS inför tomma läktare på Råsunda.

2005 lämnade Stefan Ishizaki AIK för spel i norska Vålerenga IF och vann den norska Tippeligaen under debutsäsongen. Det blev endast ett år i Norge innan IF Elfsborg erbjöd honom ett kontrakt. Efter åtta år i Borås med bland annat två SM-guld (2006, 2012) och en vinst i Supercupen (2007) blev nästa anhalt Los Angeles och LA Galaxy i Major League Soccer. LA Galaxy meddelade den 30 januari 2014 att man var överens med Stefan Ishizaki om ett kontrakt. Debuten i MLS skedde den 8 mars 2014, hemma mot Real Salt Lake (0–1) då han byttes in istället för Gyasi Zardes i den 69:e minuten.

LA Galaxy slutade 2014 på andra plats i Western conference och avancerade till finalen av MLS efter att ha slagit ut Real Salt Lake och Seattle Sounders FC i slutspelet. I finalen ställdes man mot New England Revolution och vann med 2–1 efter förlängning där Robbie Keane blev stor matchhjälte inför 27 000 åskådare på StubHub Center i Carson. Stefan Ishizaki startade finalen, men byttes ut efter de 90 ordinarie minuterna där han bland annat spelade fram Gyasi Zardes till 1–0-målet i den 52:a minuten. MLS-titeln var LA Galaxys femte genom tiderna.

Det blev knappt ett och ett halvt år i USA för Stefan Ishizaki. LA Galaxy gick efter segermatchen i den 21:a omgången hemma mot Toronto FC (4–0) den 4 juli 2015 ut med nyheten om att Stefan Ishizaki valde att bryta kontraktet för att flytta hem till Sverige då familjen väntade tvillingar. Det blev sammanlagt 50 grundserie- och 4 slutspelsmatcher för honom i LA Galaxy. Han svarade för sammanlagt 6 mål och 13 målgivande passningar i dessa matcher.

Mellan 2001 och 2012 spelade han även 13 A-landskamper för Sverige. Under sin första sejour i AIK spelade han 139 tävlingsmatcher och svarade för 20 mål.

AIK-supportrarna sjöng ofta ”Ishi längtar hem till AIK” då han besökte Solna och sommaren 2015 kunde AIK Fotboll välkomna honom tillbaka till klubben i sitt hjärta! Den 10 juli 2015 kom AIK Fotboll överens med Stefan Ishizaki om en comeback för mittfältaren i klubben. Kontraktet var på 2,5 år och sträcker sig över säsongen 2017.